03-6803-5794から、”03-“をstr_replaceすると、重複して削除され、685794になってしまう。

preg_replaceなら、回数を指定できる。
$num1 = strstr($number, '-', true);
$num = preg_replace("/".$num1."-/","", $number, 1);
$num2 = strstr($num, '-', true);
$num3 = str_replace("".$num2."-","", $num);
