phpファイルからlinuxコマンドを実行

exec('ls', $out, $ret);
print_r($out);

pdftotextの場合は、これでOK

exec('pdftotext boj.pdf boj2.txt');

ではこうするとどうでしょう？
コードがやや冗長になってしまいましたが、file_put_contentsしたpdfをpdftotextしてpdfだけunlinkします。

$i=0;
foreach($urls as $value){
    $pass = "file/".$y."/".$i.".pdf";
    $data = file_get_contents($value);
    file_put_contents($pass, $data);
    exec("pdftotext ".$pass." file/".$y."/boj.".$i.".txt");
    unlink($pass);
    $i++;
}

テキストファイルだけになってますね。

viewをどうするか？
タイトルを取得して、listで表示したい。