getElementById に、innerHTMLを付ければOKですね。
var key = document.getElementById("myid").innerHTML;
var value = document.getElementById("myid2").innerHTML;
if (key && value){
storage.setItem(key, value);
}
key = "";
value = "";
<?php
$code = array('3808','8893');
$name = array('オウケイウェイヴ','新日本建物');
?>
<h4>お気に入り銘柄</h4>
<p id = "code"><?php echo $code[0]; ?></p>
<p id = "name"><?php echo $name[0]; ?></p>