EXEファイルっはPortable Executableファイルと呼ばれ、MZヘッダー、PEヘッダー、セクションデータから構成されます。
MZ header:DOS header、MS-DOS header
PEヘッダー:シグネチャ、ファイルヘッダー、オプションヘッダー
セクションデータ:セクションヘッダー1,セクションヘッダー2・・セクション1,セクション2
MZヘッダーには、Windows用プログラムを、MS-DOS環境で誤って起動してしまったときに実行されるMS-DOS用プログラムが格納されています。
PEヘッダーには、Windows用プログラムの情報が格納されています。
Visual Studioに含まれるdumpbin.exeというコマンドラインツールを使えば、EXEファイルの構造を調べることができます。